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[셀젠바이오테크: Nanostring] nCounter - System Performance

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 다음은 나노스트링사의 홈페이지에 있는 FAQs란의 내용을 정리하여 글을 올리겠습니다.

 

내용이 많은 관계로 System Performance란의 내용만을 설명드리겠습니다.

 

1. What is the dynamic range of the system?

분석장비에서 dynamic range란 유효한 값을 읽는 범위라 넓으면 유효한 값을 읽는 범위로, 예를 들어 형광량을 측정하여 정량을 진행할 때, 너무 적은 양의 형광은 detection이 어려워 값에 의미를 부여하기 어렵고, 너무 많은 형광량은 정량값을 정확히 반영하기 어렵기 때문에 유효한 값을 dynamic range라고 하는데, nCounter anaysis system은 형광량을 측정하여 정량을 하지 않고, color-coded barcode를 직접 카운트하기 때문에 dynamic range가 106으로 대략 백만단위의 molecule를 카운트 할 수 있습니다. 그렇지만 실질적으로 유전자 발현이 이렇게 높지 않기 때문에 대부분 transcript를 유효한 dynamic range안에서 측정가능합니다. 

 

2. How is the nCounter Analysis System quantitative?

nCounter Analysis System은 특정 color coded barcode가 특정 target에 binding하고, 이것을 detection, counting하는 시스템으로 코드셋은 특정 target에 binding하는 reporter probe와 capture probe이외에도 positive control과 negative control이 포함되는데 positive control은 코드셋에 0.1fM - 100 fM (대략 0.2-200 copy​) 농도로 첨가되어서 실험과정의 문제점을 파악하거나, 코드셋의 이상 유무, 발현량의 상대적 정량을 비교해 볼 수 있습니다.

 

3. What is the threshold of detection (or sensitivity) for the nCounter Analysis System?

NanoString guarantees detection of 10,000 molecules (which equals approximately one copy per cell) over 90% of the time when using our standard protocol; however we routinely detect as few as 2000 molecules in a sample (which equals approximately 1 copy per 5 cells).

 

4. Can nCounter measure fractional fold changes and over what range?

Yes, we can measure as little as 1.2-fold changes of a single transcript at 20 copies per cell (10 fM) with statistical significance (p < 0.05). For genes expressed at levels between 0.5 and 20 copies per cell, we routinely detect 1.5-fold differences in expression levels with the same level of confidence.


5. What is the average %CV at the expression level of one copy per cell?

We routinely see %CVs (coefficients of variation) in the one copy per cell expression range at ~10% and even lower for more highly expressed genes.


6. What is the maximum number of genes that can be analyzed at once?

We offer CodeSets that multiplex 800 endogenous transcripts in a single assay.

 

 

 

 

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