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[셀젠바이오테크: Nanostring] nCounter workflow

본문


1 Hybridize   →  2 Purify   →  3 Count

Scientists now have the power to look at more genes, across more samples, and do it faster and more cost-effectively.

 

Simplified, User-friendly and Efficient

1   1.    Hybridization: NanoString’s Technology employs two ~50 base probes per mRNA that hybridize in solution. The Reporter Probe carries the signal; the Capture Probe allows the complex to be immobilized for data collection.

 

2   2.    Purify and Immobilize: After hybridization, the excess probes are removed and the probe/target complexes aligned and immobilized in the nCounter Cartridge.

 

3.    Count: Sample Cartridges are placed in the Digital Analyzer for data collection. Color codes on the surface of the cartridge are counted and tabulated for each target molecule. 

 

나노스트링사의 nCounter system을 이용하여 실험을 진행하는 workflow를 살펴보면, 먼저 준비된 DNA나 RNA와 같은 시료에, colored barcode인 reporter probe와 capture probe를 일정 농도에 맞춰 넣어 주고 hybridization을 하는 1단계 작업이 필요합니다. 반응을 준비하는 시간은 10분 내외로 간단히 진행되고 (miRNA 실험은 오래 걸려요), 반응은 온도 control이 잘 되는 PCR 기기를 이용하시면 됩니다. 총 반응 시간이 12 정도로 오후에 실험을 실시하면, 다음날 오전부터 실험을 진행 하실 수 있습니다.


Hybridization이 끝난 시료는 Prep station에서 여부의 probe나 핵산을 제거하는 과정과, 카트리지에 정량하고자 하는 molecule를 binding시키고, 전류를 흘려 카트리지에 눕혀서, 정확히 바코드를 카운트하기 위한 과정을 거치게 됩니다. 대략적으로 2시간 반에서 3시간 정도 걸리며, 이 과정을 거치면, 카트리지에 분석하고자 하는 molecule이 들어가 있는 카트리지를 얻을 수 있습니다.


Count할 수 있는 시료가 만들어졌기 때문에 digital analyzer에 준비된 카트리지를 넣어주고 읽어가는 과정을 거치게 됩니다. 카운트는 읽는 조건에 따라 나뉘어 지는데 해상도가 높아질 수록, 읽는데 걸리는 시간이 더 많이 소요됩니다. 해상도는 Field of View (FOV)로 표현을 하고 이 값이 높아질 수록 정확히 읽어 가기 때문에 시간이 더 오래 걸리게 됩니다. FOV는 low, med, high, 그리고 max로 나누어 지는데, 데이터를 읽어서 분석을 하기 위해서는 high이상이면 되며, high와 max상의 차이는 데이터 경향에는 큰 차이는 없습니다. 가장 일반적으로 high로 데이터를 읽는게 보편적이고, 데이터에 이상이 있는 경우, max로 다시 읽어 체크를 하는데 일반적인 standard protocol입니다.

 

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