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[셀젠바이오테크: Nanostring] 나노스트링사의 nCounter system은?

본문

나노스트링사의 nCounter system에 대하여

 

                                                  

 

1.    나노스트링사에 대하여

 

-      Nanostring technologies는 미국 시애틀에 위치한 NASDAQ 상장사로 n-counter Analysis System이라는 유전자 발현 분석에 획기적인 기술을 보유하고 있다.

-      나노스트링사는 n-counter system을 개발한 Krassen Dimitrov, Amber Ratcliffe, Dwayne Dunaway에 의해 2003년 설립되어, 2008 n-Counter system을 상용화 하였다.

-      나노스트링사의 “nCounter Analysis System”은 시애틀에 위치한 Institute for Systems Biology (ISB) Leroy Hood’s lab에서 Dimitrov Dunaway에 의해 개발된 digital molecular barcoding technology를 기반으로 상용화 되었다.

 

Geiss, Gary K; Bumgarner, Roger E; Birditt, Brian; Dahl, Timothy; Dowidar, Naeem; Dunaway, Dwayne L; Fell, H Perry; Ferree, Sean; George, Renee D; Grogan, Tammy; James, Jeffrey J; Maysuria, Malini; Mitton, Jeffrey D; Oliveri, Paola; Osborn, Jennifer L; Peng, Tao; Ratcliffe, Amber L; Webster, Philippa J; Davidson, Eric H; Hood, Leroy; Dimitrov, Krassen (2008). "Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs". Nature Biotechnology 26 (3): 317–25. 

 

-      나노스트링사는 현재 200 unit이상의 nCounter analysis system을 판매하고 있으며, 2016년 현재 국내에는 총 5 unit이 설치되어 있다. nCounter analysis system으로 실험을 진행하기 위해서는 기기뿐만 아니라, 코드셋이라는 color coded barcode라는 probe가 필요하며, 이 또한 나노스트링사에서 제작하게 된다.

-      이 시스템을 통하여 현재 미국과 유럽, 이스라엘에서 PAM-50라는 prognostic gene signature assay를 통하여 유방암 진단에 사용되고 있다

 

 

2.    nCounter Analysis System에 대하여

 

1)    특징

l  기존의 q-PCR 기법과 전혀 다른 concept: No amplification ( single cell assay 예외)

l  High Throughput Multiplexing: 최소 20개에서 최대 800개의 유전자를 동시에 정량 가능

l  Low Amount: Total RNA 100 ng, Genomic DNA 500 ng으로 실험 진행

l  넓은 sample spectrum: FFPE, degradation sample, Cell lysate를 이용한 실험 가능

l  전세계 누가 실험을 해도 높은 재현성 (reproducibility)

 

2)    기기의 구성

-      nCounter analysis system을 이용하여 실험을 진행하기 위해서는 Prep station digital analyzer로 명명된 nCounter system이 필요하다.

-      실험의 전체적인 과정은 color-corded barcode reporter probe에 붙이고, 또한 capture probe를 제작한다. 이 둘 probe는 상보적인 target DNA RNA에 붙게된다. 이러한 hybridization (12시간 이상)을 실시 후, 여분의 probe non-specific probe는 제거한 후 streptavidin이 표면에 처리된 카트리지에 capture probebiotinbinding 상태에서 전류를 흘려주어 digital analyzer에서 reporter probe colored-barcode를 정확히 읽을 수 있게 된다.

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